Las formas más comunes de realizar el cuajado de la leche es añadiéndole algún tipo de fermento o cuajo y la acidificación. Para acidificar la leche se pueden emplear ácidos como el vinagre o el limón, pero actualmente es más frecuente el uso de bacterias, que convierten la lactosa de la leche en ácido láctico. Éste promueve la formación y desuerado de la cuajada, evita que crezcan en ésta microorganismos patógenos debido a que disminuye el pH a unos valores de 5,0-5,2 y le confiere un sabor ácido. Además, estas bacterias, junto a las enzimas que producen, también juegan un importante papel en el futuro sabor del queso tras su maduración. En la mayoría de quesos se emplean bacterias como las Lactococcus, Lactobacillus o Streptococcus.
Durante el cuajado, nuestra cuba de elaboración se mantiene en torno a los 30ºC (temperatura adecuada para el crecimiento de las bacterias utilizadas) durante cerca de una hora. La administración de calor se produce mediante baño María, ya que por las paredes de la cuba recircula constantemente agua caliente. Esto se realiza de esta forma para evitar que la leche (o la cuajada obtenida posteriormente) se queme.